Étiquette : Covid-19

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1) Suivi France basé sur les données de SPF

2) Décès en France : SPF vs CépiDc vs Insee
– 2.1. Décès Covid de SPF
– 2.2. Décès Covid du CépiDc (Inserm)
– 2.3. Décès toutes causes de l’Insee
– 2.4. Graphiques

3) Covid-19 et âge en France

4) Fiches désintox

5) Graphiques de suivi de treize pays
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1) Suivi France – Dernière mise à jour le 05/10/2022 (données au 05/10 soir)

Graphiques basés sur les données de Santé Publique France* corrigées** :
– n°1 et n°1 bis = flux quotidiens en valeur absolue (échelle logarithmique),
– n°2 = flux quotidiens en valeur rapportée au maximum de mars-avril (échelle linéaire),
– n°3 = encours hospitaliers en valeur absolue (échelle logarithmique),
– n°4 = encours hospitaliers et décès quotidiens en valeur rapportée aux max de mars-avril 2020 (échelle linéaire),
– n°5 et n°5 bis = estimations du R à partir de plusieurs indicateurs.

* Fichiers csv de www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-hospitalieres-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/ pour les admissions et encours d’hospitalisations et de soins critiques ainsi que pour les décès à l’hôpital ; fichier csv par régions de www.data.gouv.fr/fr/datasets/donnees-des-urgences-hospitalieres-et-de-sos-medecins-relatives-a-lepidemie-de-covid-19/ pour les passages aux urgences pour suspicion de Covid ; fichier de www.data.gouv.fr/fr/datasets/indicateurs-de-suivi-de-lepidemie-de-covid-19/ pour le taux d’incidence et le R calculé par SPF puis celui de www.data.gouv.fr/fr/datasets/synthese-des-indicateurs-de-suivi-de-lepidemie-covid-19/ à partir de mai 2022 ; pour les décès totaux (incluant ceux en Ehpad/EMS), ressaisie de https://dashboard.covid19.data.gouv.fr/ jusqu’en juin 2021 puis calculs faits à partir des infos disponibles sur www.santepubliquefrance.fr pour les décès totaux puis utilisation de www.data.gouv.fr/fr/datasets/synthese-des-indicateurs-de-suivi-de-lepidemie-covid-19/ à partir de janvier 2022.

** Pour ne pas fausser la vision de la dynamique, j’ai ôté 237 nouvelles hospitalisations et 76 décès au 18/09/2020 car il s’agissait de l’arriéré d’un hôpital qui n’envoyait plus ses données depuis deux mois et affecté la moitié des décès en EMS annoncés les mardis 29/12/2020 et 5/2/2021 aux vendredis 25/12 et 1/1 respectivement, jours habituels de déclaration de ces décès non remontés ces jours-là car fériés. J’ai par ailleurs ventilé les 594 nouveaux décès en EMS annoncés le 26/03/2021 comme suit : 26 affectés au 12 mars bien que 0 selon le dashboard (car il y avait eu 93 nouveau décès en EMS selon la page SpF ce jour-là mais 67 avaient déjà été déclarés la veille sur le dashboard vs 0 selon la page SpF) et un tiers de 594-26 affectés aux vendredis 19 et 26 mars et au mardi 23 mars. Le nombre de décès attribués au Covid en EMS entre le 19 et le 30 mars sur dashboard.covid19.data.gouv.fr inclut probablement un arriéré de décès plus anciens qui n’avaient pas été comptés, car selon le bulletin épidémiologique de SpF du 1er avril, l’application servant à remonter les décès Covid en EMS a été fermée à partir du 16 et une nouvelle version “permettant l’intégration des données historiques” a été mise en production le 19, et “de ce fait, de nombreux établissements […] actualisent encore cette semaine leurs données”. Le bulletin du 8 avril indique que les données de mortalité en EMS sont incomplètes pour la semaine du 15/3 et surestimées celle du 22/3 suite à un rattrapage de saisie. Enfin, j’ai ôté aux données du 21/9/2021 70 décès hospitaliers incohérents avec l’évolution du cumul des décès. D’importants retards puis rattrapages de déclarations ont également eu lieu fin décembre 2021/début janvier 2022 et fin janvier/début février 2022 qui faussent la perception de la dynamique mais ils ne sont pas corrigés.

NB :
– La mention “Covid+” pour les décès ainsi que les flux et encours d’hospitalisations et de soins critiques correspond à ce qui est attribué au Covid dans la communication faite par Santé Publique France (SPF). Compte tenu des modalités concrètes de remontée des informations à SPF, il s’agit d’un reflet imparfait de ce qui est effectivement causé par le Covid-19 : des décès/hospitalisations/entrées en soins critiques peuvent être comptés même s’ils ne sont pas dus au Covid-19 seulement parce que la personne concernée était porteuse du virus ou présentait les signes cliniques de la maladie, et a contrario d’autres ne sont pas comptés (tous les décès ailleurs qu’en établissement de santé, Ehpad ou EMS, les décès de certaines personnes arrivant en fin de vie à l’hôpital et non testées ou non enregistrées dans SI-VIC car hospitalisées durant moins de 24h, certains décès non saisis ou non remontés à SPF car l’exhaustivité n’est pas garantie…). De plus, ces données ne sont pas affectées à leur date réelle de survenue mais à la date à laquelle elles sont consolidées. Enfin, on note que presque tous les jours, le nombre de nouveaux décès à l’hôpital selon dashboard.covid19.data.gouv.fr est légèrement inférieur à celui présent dans le fichier .csv des nouveaux décès à l’hôpital car le dashboard utilise la différence entre le cumul de j et celui de j-1 déclaré par les établissements et non le flux de j qu’ils déclarent, or des décès sont annulés a posteriori dans ces cumuls (correction d’erreurs) sans que cette annulation soit affectée au jour concerné (dans ces deux sources, l’historique n’est jamais révisé). Pour plus de détails sur les décès Covid de SPF, voir ici.

– Le 31 janvier 2022, SPF a commencé à publier en opendata les taux de patients hospitalisés ou en soins critiques (admissions et encours) pour 100 000 habitants moyennés sur 7 jours en distinguant ceux “pour Covid” de ceux “avec Covid” (comptés comme Covid+ car testés positifs au SARS-CoV-2 mais hospitalisés ou admis en soins critiques pour un autre motif que le Covid-19). Cela permet de calculer le pourcentage des patients “pour Covid” parmi les Covid+. Il a nettement diminué avec la vague Omicron, passé de :
– 85 % des hospitalisations le 14/12/2021 à 60.1 % le 11/04/2022,
– 94 % des admissions en soins critiques le 20/12/2021 à 65.5 % le 07/04/2022.
Chez les 20-29 ans, au 30/01/2022, moins de 44 % des hospitalisations et moins de 72 % des admissions en soins critiques Covid+ étaient “pour Covid”.
Cette distinction n’est disponible rétroactivement qu’à partir du 1er janvier 2021. A partir du 3 février 2022, j’ai modifié plusieurs des graphiques de cette page pour en tenir compte.

– Les nombres de passages aux urgences pour suspicion de Covid ne sont pas remontés via le même système informatique ni selon les mêmes procédures que les données concernant les décès, les données d’hospitalisation et celles de soins critiques et ils ne comportent pas les mêmes biais. En particulier, ils ne sont pas tributaires de la pertinence des tests de présence du virus et ils sont affectés à leur date réelle : lorsqu’un passage survenu le jour j-n est saisi dans le système, il est ajouté au décompte quotidien du jour j-n et non dans celui de j (l’historique du fichier quotidien publié par SPF est révisé chaque jour). Les nombres de passages aux urgences sont remontés via le réseau OSCOUR, créé en 2004, qui couvrait environ 93 % des passages aux urgences de France début 2020. Ceux pour suspicion de Covid sont identifiés via un codage ad hoc mis en place le 24 février 2020. Il reprend la classification internationale des maladies (CIM) définie par l’OMS et comporte à ce jour les codifications suivantes :
U07.10 : Covid-19 forme respiratoire, virus identifié (infection respiratoire aiguë ou détresse respiratoire, présence du virus confirmée par la biologie)
U07.11 : Covid-19 forme respiratoire, virus non identifié (idem mais présence du virus non confirmée)
U07.12 : Porteur de SRAS-CoV-2 asymptomatique ou pauci symptomatique
U07.13 : Autres examens et mises en observations en lien avec l’épidémie Covid-19
U07.14 : Covid-19 autres formes cliniques, virus identifié
U07.15 : Covid-19, autres formes cliniques, virus non identifié
Les codes U07.14 et U07.15 ont été ajoutés en octobre 2020. Depuis, le code U07.12 est en particulier utilisable en cas de test positif fait dans le cadre d’une admission aux urgences sans motif de suspicion de Covid-19. Le code U07.13 n’est pas utilisable pour le codage du diagnostic principal et n’est pas pris en compte dans la consolidation des données faite par SPF en l’absence d’un autre code U07.1 en diagnostic principal ou associé. A noter que certains patients peuvent être mal codés (sans utilisation d’un code Covid-19 alors qu’ils le devraient) et que les patients directement hospitalisés sans passage aux urgences ne sont pas enregistrés dans ce système.

– Soins critiques = réanimation (destinée à des patients présentant ou susceptibles de présenter plusieurs défaillances viscérales aiguës, mettant directement en jeu leur pronostic vital et impliquant le recours à des méthodes de suppléance) + soins intensifs (destinés à des patients victimes de la défaillance d’un seul organe) + surveillance continue (patients nécessitant une observation clinique et biologique régulière). Les chiffres concernant spécifiquement les services de réanimation ne sont pas disponibles dans les fichiers publiés par SPF. Jusqu’au 20 mars 2021, tous les décomptes attribués à la réanimation par SPF et dans la communication gouvernementale correspondaient en fait aux soins critiques. A partir de cette date, le libellé de cette information a été corrigé et le détail des admissions en réanimation ajouté au tableau de bord de SPF (1640 ce jour-là pour la semaine écoulée, soit 68.6 % des 2391 admissions en soins critiques de la semaine).

– Le R réel, qui est le nombre de personnes en moyenne contaminées par une personne infectée par le virus responsable du Covid-19 (i.e. le nombre de reproduction du virus), n’est pas directement disponible. Par rapport au R réel, les estimations du R présentées ici sont retardées de plus d’une semaine à plus de trois selon l’indicateur utilisé pour leur calcul. Elles sont en outre biaisées mais avec des biais différents selon l’indicateur (en particulier, le R estimé à partir du taux d’incidence est notablement biaisé par la modification fréquente des pratiques de tests), d’où l’intérêt d’en observer plusieurs simultanément pour pouvoir mieux apprécier les tendances. Du fait de la méthode d’estimation employée ici (grossière mais s’avérant donner des résultats proches de ceux produits à l’aide de modèles paramétrés par des épidémiologistes), ces estimations donnent directement des taux de variation hebdomadaires : si R = 1.nn, l’indicateur sous-jacent à son calcul augmente de nn % par semaine (ex : 1.3 <=> +30 % par semaine) ; si R = 1, il est stable ; si R = 0.nn, il diminue de (100 – nn) % par semaine (ex : 0.8 <=> -20 % par semaine).

Gr. n°1 : flux, échelle log

Rem : selon L. Mucchielli & co le 27 sept. 2020 “cette prétendue « deuxième vague » est une aberration épidémiologique et l’on ne voit rien venir qui puisse être sérieusement comparé à ce que nous avons vécu au printemps dernier” et le 28 oct. 2020 “Aujourd’hui à force de matraquage médiatique avec force « indicateur », tout le monde ou presque est persuadé que la deuxième vague est là mais c’est une interprétation totalement abusive” .

Gr. n°1 bis : flux, échelle log (depuis sept 2021)

Gr. n°2 : flux rapportés au 1er pic

Gr. n°3 : encours hospitaliers, échelle log

Gr. n°4 : encours et décès rapportés au 1er pic

Gr. n°5 : estimations du R

Gr. n°5 bis : estimations du R (depuis sept 2021)

2) Décès en France : données Santé Publique France vs du CépiDc (Inserm) vs de l’Insee

2.1. Décès Covid de Santé Publique France

Santé Publique France (SPF), établissement public administratif sous tutelle du ministère de la santé, diffuse chaque jour les nombres de décès attribués au Covid-19 qui lui sont communiqués dans le cadre d’une procédure ad hoc par les établissements de santé et les établissements médico-sociaux (EMS). Les décès à domicile ne sont pas communiqués à SPF mais ils sont probablement peu nombreux. A titre indicatif, la Belgique les compte quant à elle et au 9 déc. 2020, ils représentaient moins de 0.5 % du total : sur 17 603 décès, seuls 57 étaient survenus à domicile ou sur la voie publique et 17 dans un lieu non précisé vs 9 817 à l’hôpital, 7 635 dans une maison de repos et 77 dans une autre collectivité résidentielle. L’estimation de 9 000 morts à domicile en France diffusée en avril par un syndicat de médecins généralistes était infondée, comme l’a admis le président dudit syndicat (voir mon post FB du 20 mai 2020).

Repris sur un tableau de bord synthétique jusqu’en juin 2021, ces nombres ont été donnés tous les jours pour les décès hospitaliers et par paquets depuis le 1er avril 2020 pour ceux survenus en Ehpad et autres EMS (irrégulièrement au début, puis le mardi à partir du 9 juin 2020, puis le mardi et le vendredi à partir du 8 septembre puis à nouveau le mardi seulement depuis le 22 juin 2021). Du fait de reports du travail de remontée à SPF des décès hospitaliers, les nombres de décès chutent systématiquement les samedi et dimanche. Il est donc périlleux (ou trompeur) d’interpréter un chiffre quotidien isolé et préférable d’utiliser les moyennes mobiles sur sept jours glissants, qui lissent ces irrégularités. Par ailleurs, la date à laquelle un décès est affecté est celle à laquelle il a été inclus dans la synthèse quotidienne faite par SPF et non la date réelle du décès. Ainsi, le nombre de décès déclaré pour un jour donné contient des décès survenus durant plusieurs jours précédents. Ce nombre est aussi parfois réduit par l’annulation d’un décès compté dans le passé mais finalement jugé déclaré à tort. Depuis juin 2021, le tableau de bord synthétique a été remplacé par www.gouvernement.fr/info-coronavirus/carte-et-donnees, qui ne contient plus le total des décès (Ehpad et autres EMS inclus).

– Les décès hospitaliers attribués au Covid-19 par SPF sont ceux survenus dans un établissement de santé (public ou privé) et tracés comme tels dans le système SI-VIC. Mis en œuvre à la suite des attentats de Paris de novembre 2015, ce système géré par le ministère de la santé vise à aider les autorités sanitaires à identifier et suivre la situation des victimes d’attentats ou de situations sanitaires exceptionnelles (susceptibles de faire de nombreuses victimes ou d’impacter fortement le système de soins au niveau local ou national) pour organiser leur prise en charge. Les données présentes dans SI-VIC sont saisies directement par les personnels des établissements de santé via un portail web, selon les consignes données par les agences régionales de santé (ARS) qui sont les autorités compétentes en la matière. Les seules consignes de saisie dans SI-VIC données au niveau national ont été celles du Message d’Alerte Rapide Sanitaire (MARS) n°23 daté du 31 mars 2020. Il stipule que les établissements de santé doivent systématiquement saisir dans SI-VIC au titre du Covid-19 les patients hospitalisés présentant soit un test biologique confirmant la présence du SARS-CoV-2, soit un scanner thoracique évocateur du diagnostic de Covid-19. A contrario, l’ARS d’Ile-de-France par exemple a indiqué dans ses consignes que l’enregistrement dans SI-VIC n’était pas nécessaire malgré ces critères si les cliniciens estimaient qu’il s’agissait d’un cas exclu, et que les personnes hospitalisées en psychiatrie, en soins de suite et réadaptation ou en unité de soins de longue durée ne devaient être enregistrées que si elles recevaient des soins spécifiques au Covid-19.

Aucune information médicale n’est gérée dans SI-VIC hormis le type d’hospitalisation du patient (conventionnelle, en soins critiques, en soins de suite et réadaptation ou en psychiatrie). Comme le signale une étude publiée par le Ministère de la santé début octobre 2020, on ne peut distinguer dans SI-VIC les patients hospitalisés pour des formes graves de Covid-19 de ceux admis pour d’autres raisons (opération planifiée, crise d’appendicite, etc.) et qui s’avèrent être également infectés par le SARS-Cov-2. Si l’un de ces derniers décède à l’hôpital (pas s’il décède après être retourné à domicile, y compris en hospitalisation à domicile), il sera ainsi compté par SPF parmi les décès attribués au Covid-19 même si ce n’est pas la cause de son décès. Les autrices de l’étude soulignent qu’avec l’augmentation progressive des capacités de dépistage, ainsi que la reprise progressive des opérations planifiées une fois passé le pic de la première vague, la proportion de patients enregistrés dans SI-VIC pour autre chose que des formes graves de la maladie a pu augmenter au fil du temps entre le 1er mars et le 15 juin 2020, mais sans qu’on puisse quantifier ce phénomène. A contrario, l’exhaustivité des saisies dans SI-VIC n’est pas garantie (en pratique, seules les unités de soins conventionnels et celles de soins critiques sont très bien couvertes ; ce n’est pas le cas des unités de psychiatrie, des unités de soins de suite et réadaptation, des unités de soins de longue durée et des services d’urgences), les patients en fin de vie ne sont pas systématiquement testés ou scannés et les personnes hospitalisées durant moins de 24h ne sont pas enregistrées dans SI-VIC ni celles hospitalisées à domicile. Par conséquent, on ne sait pas dire aujourd’hui dans quelle mesure les défauts de ce système de déclaration donnent une vision biaisée des décès hospitaliers ni même dans quelle direction est ce biais (sous-estimation ou surestimation). Au vu des éléments d’information provenant de l’Insee et du CépiDc (Inserm), une légère sous-estimation me paraît probable.

– Les décès en Ehpad et autres EMS sont quant à eux remontés via le portail de signalement des événements sanitaires indésirables (la saisie peut également se faire via une page ad hoc ramenant vers ce portail), qui existe depuis mars 2017 mais a fait l’objet d’un patch et de consignes de saisie spécifiques au suivi du Covid-19 (dispositif mis en place le 30 mars 2020 ayant permis à SPF de commencer le 1er avril à publier des données consolidées). Une nouvelle version permettant l’intégration des données historiques a été mise en production le 19 mars 2021. En janvier 2022, une nouvelle version du système désormais appelé SurvESMS a été mise en place, accompagnée de nouvelles consignes de saisie.

Suite à la survenue du premier cas et jusqu’à la fin du quatorzième jour d’affilée sans nouveau cas, ces établissements sont tenus de signaler à SPF les cas possibles (sur la base du tableau clinique : fièvre, difficultés respiratoires…) et les cas confirmés (test biologique ayant montré l’infection par le SARS-CoV-2) chez leurs résidents et les membres de leur personnel. Durant un tel épisode de Covid-19 dans un établissement, SPF demande de comptabiliser tous les décès de résidents qui étaient des cas confirmés ou pour lesquels il y avait une suspicion de Covid-19, et ce même si le patient avait fait l’objet d’un test négatif.

Ceux dont le décès est survenu au sein de leur EMS viennent former le nombre de décès Covid en EMS publié par SPF sur son dashboard. En plus de cette donnée synthétique, SPF indique dans son point épidémiologique détaillé (publié chaque jeudi sous forme d’un document pdf) le cumul des décès Covid parmi les résidents d’EMS depuis le 1er mars 2020 avec une ventilation par lieu de décès (hôpital ou EMS) et par type d’EMS :
– établissements d’hébergement pour personnes âgées (Ehpa), i.e. Ehpad et autres établissements pour personnes âgées, “résidences autonomie” et “résidences seniors”,
– hébergements pour personnes handicapées,
– établissements d’aide sociale à l’enfance,
– autres EMS.

2.2. Décès Covid du CépiDc

Le centre d’épidémiologie sur les causes médicales de décès (CépiDc) de l’Inserm a créé une page dédiée à son suivi du Covid-19. Contrairement à l’Insee, qui ne dispose que du volet administratif des certificats de décès envoyé par les mairies, le CépiDc dispose de la description du processus ayant conduit à la mort faite par le médecin certificateur. Elle est censée être remplie selon les instructions accompagnées d’exemples données ici pour les certificats électroniques. Au 18 juin 2021, 98 % des certificats de décès attendus (d’après les données de l’Insee) ont été reçus pour la période du 1er mars au 31 décembre 2020 et 96 % pour janvier et février 2021.

Après codage expert manuel de cette description, le CépiDc publiera les nombres définitifs officiels de décès dus au Covid-19. Conformément aux lignes directrices de l’OMS), un décès sera attribué au Covid si et seulement si celui-ci est défini après codage comme étant la cause initiale du décès. En attendant, le CépiDc met à disposition des données provisoires basées sur les certificats de décès déjà reçus (que ce soit par voie électronique, ce qui représente environ 30 % des décès, ou par voie papier).

Dans ces données provisoires, le CépiDc classe automatiquement en décès “Covid” tout décès dont le certificat contient ce mot ou un équivalent sauf si un terme négatif tel que “non lié” est aussi présent (voir ici l’algorithme et les termes utilisés). En principe, cela correspond aux décès auxquels le Covid-19 a contribué selon le médecin certificateur, ce qui est un périmètre un peu plus large que les décès dont le Covid-19 a été jugé être la cause initiale qui seuls figureront dans le décompte définitif.

Depuis début mai 2021, le CépiDc publie le résultat du codage expert pour la 1ère vague de Covid-19. Au 18 juin 2021, il aboutit à un cumul de 30 960 décès Covid au 31 mai 2020 versus 34 371 selon le décompte automatique.

NB :
– Le distinguo entre décès à domicile et décès en Ehpad ou maisons de retraite fait par le CépiDc est douteux car l’information n’est pas toujours renseignée correctement à la source, “domicile” étant parfois indiqué quand la personne est décédée dans l’établissement où elle vivait. On peut toutefois relever qu’alors qu’un billet publié sur le blog de L. Mucchielli le 6 juin 2020 affirmait que le Covid-19 avait fait “au moins 38 000 victimes au 31 mai” dont 9 000 morts “survenues à domicile qui ne sont pas comptabilisées officiellement”, les données provisoires du CépiDc du 19/11/2020 indiquent un bilan au 31 mai de 34 020 décès Covid dont 1 983 dans un domicile (du défunt ou autre) et 10 486 en Ehpad ou maison de retraite. Le bilan officiel diffusé au fil de l’eau par SPF était au 31 mai de 28 802 décès dont 10 347 en Ehpad et autres EMS.

– Lorsque le certificat de décès est électronique (vs papier), il est saisi dans le système CertDc qui envoie le volet médical directement au CépiDc par flux informatique sécurisé. A la saisie d’un certificat dans CertDc, un message s’affiche donnant notamment pour instruction au médecin certificateur de ne pas inclure le terme “COVID” dans sa description du processus morbide s’il est certain que le décès n’est pas lié au Covid-19. Aucun élément factuel n’étaye à ce jour l’affirmation suivante présente dans un billet du blog de L. Mucchielli publié le 28 oct 2020 : “Il est évident que l’on compte beaucoup plus de « morts du Covid » qu’il n’y en a en réalité. La question serait de savoir combien exactement : un cinquième ? un quart ? un tiers ? la moitié ?”.

– Aucune prime n’est versée aux hôpitaux ni aux médecins en cas d’imputation d’un décès au Covid-19. Il s’agit d’une infox concernant d’abord la Belgique lancée fin août sur Facebook, reprise en France mi-septembre sur FranceSoir.fr par le Dr Peter El Baze (cosignataire de trois des tribunes de L. Mucchielli) et quelques jours plus tard au Québec sur Facebook, fermement démentie dans les trois pays.

2.3. Décès enregistrés par l’Insee

Les mairies ont l’obligation légale de remonter au fil de l’eau à l’Institut national de la statistique et des études économiques (Insee) les données des actes d’état civil qu’elles dressent, dont ceux de décès. Exceptionnellement pendant la pandémie de Covid-19, l’Insee publie régulièrement (chaque vendredi depuis fin 2020) sur une page web dédiée des décomptes quotidiens basés sur ces données. Ils contiennent les nombres de décès toutes causes confondues car aucune information médicale ne figure dans la remontée faite à l’Insee, à savoir l’avis de décès 7 bis. A la différence des données de SPF sur la mortalité Covid, les décès sont affectés à la date de leur survenue effective et non à celle de remontée.

Comme le précise l’onglet « Lisez-moi » des fichiers, les « données les plus récentes sont incomplètes ». En effet, un délai important peut s’écouler entre la survenue d’un décès et son intégration dans la base de l’Insee bien que les mairies les remontent en principe sous sept jours. Lorsque l’Insee publie une synthèse, elle contient les données arrêtées à j-11 et l’Insee ajoute : « Il est important de noter que ces données sont très provisoires et seront révisées à chaque nouvelle publication. Pour autant, l’Insee fait le choix de les mettre à disposition de tous, car elles peuvent permettre de déceler précocement des changements de tendance. »

La surmortalité observée au cours d’une vague de Covid par rapport à la même période des années précédentes donne une indication de l’ampleur de l’anomalie observable (au sens statistique du terme, ce qui est l’objet du site euromomo) mais ne peut être directement considérée comme représentant le bilan en vies de la pandémie. En effet, on ne peut affirmer a priori que la mortalité moyenne passée est égale à celle qu’il y aurait eu sans la pandémie car l’année en cours peut présenter d’autres spécificités (ex : virulence de la grippe saisonnière ; effet de moisson causé par un événement de l’année précédente). De plus, les calculs de ce type ne donnent pas les mêmes résultats selon la période qui est prise comme référence (ex : A-1, moyenne des 4 dernières années,…) et l’estimation de la mortalité attendue sur la base de la moyenne passée est biaisée si on ne tient pas compte de l’évolution démographique durant les années concernées. Elle l’est aussi si le mois de février est inclus sans tenir compte du jour supplémentaire des années bissextiles (29 février existant en 2020, pas les 3 années précédentes). Par ailleurs, la surmortalité calculée inclut des sur- et sous-mortalités indirectes causées par l’épidémie ou par les mesures prises contre elle (ex : moins de morts par accidents de la route grâce au confinement ; plus de morts par accidents cardiovasculaires de personnes n’ayant pas osé aller à l’hôpital) et il n’est pas possible de les départager sur la seule base des données de l’Insee.

NB : l’Insee donne les sous-totaux par type de lieu du décès, dont « Domicile », avertissant que cette information doit être utilisée avec précautions car elle est non renseignée dans de nombreux bulletins de décès. Un autre biais non signalé par l’Insee, bien que d’importance, est le fait que lorsqu’une personne était domiciliée dans un EMS, des officiers d’état civil déclarent (souvent, selon une enquête de Mediapart) que le décès a eu lieu à domicile. Pour ces raisons, je juge préférable de ne pas utiliser cette donnée.

2.4. Graphiques (dernière mise à jour le 24 août 2021)

Rem : le graphique ci-dessus apporte un démenti à la désinformation produite par le Dr Peter El Baze le 3 nov. 2020, qui prétendait démontrer à l’aide des données de l’Insee que la 2e vague était “complètement imaginaire”. On remarque aussi que dans leur tribune du 12 nov. 2020, pour calculer une surmortalité très modeste et en conclure abusivement qu’il n’est pas justifié de prendre des mesures drastiques, L. Mucchielli, L. Toubiana et J.-F. Toussaint se focalisent sur la période du 1er mai au 26 octobre, i.e. juste après le 1er pic de mortalité par Covid-19 et avant que le 2e ne survienne et que les données de l’Insee ne soient complètes, surtout sur octobre.

Rem : on pourra mettre ce graphique en regard de la désinformation produite notamment par le Dr Peter El Baze le 21 nov. 2020 sous le pseudo “Jean Boneau” (affirmant que les données Insee démontrent un maximum de 17 000 décès liés à la pandémie), ou encore de cette phrase publiée sur le blog de L. Mucchielli le 28 oct. 2020 : “il est très douteux que l’événement sanitaire du Covid génère une surmortalité significative en 2020.” La surmortalité observée en 2020 excède très largement l’augmentation attendue du simple fait que la population française augmente chaque année (+0.37 % en 2015, +0.38 % en 2016, +0.48 % en 2017, +0.35 % [provisoire] en 2018, +0.34 % [provisoire] en 2019) et que les générations nombreuses du baby-boom arrivent à des âges de forte mortalité. En effet, selon l’Insee, le nombre annuel de décès a augmenté en moyenne de 0.7 % par an de 2004 à 2014 puis de 1.9 % par an de 2014 à 2019.

Rem : on note que ni SPF (ni ses sources), ni le CépiDc (ni les médecins ayant rempli les certificats de décès sur lesquels le CépiDc se base) n’ont attribué au Covid-19 les décès causés par les pics de forte chaleur durant l’été 2020, ce qui va plutôt à l’encontre de l’idée que de nombreux décès d’autres causes que le Covid-19 lui seraient abusivement attribués.

3) Covid-19 et âge en France

Données du CépiDc (Inserm) issues des certificats de décès (dernière màj le 18 juin 2021)

Selon les données provisoires du CépiDc au 18 juin 2021 (voir ici comment elles sont élaborées), l’âge au décès sur la période 23/01/2020 – 28/02/2021 était :
– 1er quartile = 78 ans pour les décès Covid (vs 72 ans pour les décès toutes causes),
– moyenne = 84 ans (vs 80 ans),
– médiane = 86 ans (vs 84 ans),
– 3e quartile = 91 ans (vs 90 ans).
Le tableau ci-après détaille ces données par tranche d’âge CépiDc. Rem : elles contredisent l’affirmation faite par le démographe Hervé Le Bras dans le Monde que le Covid-19 ne discrimine “pas plus les personnes âgées que ne le font les causes habituelles de mortalité” (voir la colonne “% des décès de la tr. d’âge”). Elles sont en revanche très proches de ce qui est observé pour la grippe : pour la saison 2017-2018 par exemple, 93 % des décès attribuables à la grippe ont concerné des personnes de 65 ans et plus.

Données de Santé Publique France issues des établissements médico-sociaux (dernière màj le 3 juin 2021)

Selon les données relatives aux établissements d’hébergement pour personnes âgées (Ehpa) présentes dans le point épidémiologique hebdomadaire détaillé de SPF, il y a eu entre le 1er mars 2020 et le 25 avril 2021 :
– 25 962 décès Covid en Ehpa (soit 99.0 % des décès Covid survenus en EMS et 25.2 % du total des décès Covid comptabilisés par SPF),
– 36 368 décès Covid de résidents d’Ehpa (soit 97.6 % des décès Covid de résidents d’EMS et 35.4 % du total), dont 10 406 (28.6 %) survenus à l’hôpital (vs dans l’Ehpa).

Données de Santé Publique France issues des hôpitaux via SI-VIC (dernière màj le 1er déc. 2021)

Les graphiques ci-après détaillent par classe d’âge SPF les nombres de décès à l’hôpital, jours d’hospitalisation et jours d’hospitalisation en soins critiques attribués au Covid-19. Source : donnees-hospitalieres-classe-age-covid19-[…].csv de www.data.gouv.fr (données issues de SI-VIC, voir ici comment), pourcentages calculés sur la base des 99.2 % de jours d’hospitalisation, 99.3 % de jours de soins critiques et 99.6 % de décès affectés à une classe d’âge dans le fichier source.

Remarques sur l’espérance de vie et le nombre d’années de vie perdues

Dans une tribune publiée par L. Mucchielli, L. Toubiana et J.-F. Toussaint le 12 novembre 2020, il est argué que la moyenne d’âge des personnes décédées du Covid-19 se situe “très probablement au-delà de l’espérance de vie moyenne des Françaises et des Français (qui est respectivement de 85,7 et 79,8 ans)” pour se demander s’il est raisonnable d’adopter de telles mesures “pour prolonger de quelques mois la vie de personnes très âgées”.

Or, outre que :
– les dégâts du Covid sur la santé ne se limitent pas aux décès (ni a fortiori aux décès immédiats),
– aucun élément factuel ne vient appuyer l’idée que les personnes concernées seraient décédées quelques mois plus tard,
– l’évolution de la surmortalité en 2020 par rapport à 2019 ne met pas en évidence l’effet de moisson massif qui aurait été observé sinon peu après la première vague (voir cette courbe),
il convient de rappeler que l’espérance de vie à la naissance – qui est celle indiquée dans la citation ci-dessus – est inférieure à l’espérance de vie à un âge avancé. En 2019, l’espérance de vie des Françaises et Français âgés de 65 ans était respectivement de 23.5 et 19.6 années (i.e. jusqu’à 88.5 ans et 84.6 ans respectivement, voir ici), et à l’âge de 80 ans elle était respectivement de 11.3 et 9.2 années (i.e. jusqu’à 91.3 ans et 89.2 ans respectivement, voir ici).

A contrario, des études sont parfois présentées comme chiffrant le nombre moyen d’années de vie perdues par les personnes décédées du Covid-19 et donnant des estimations supérieures à 10 ans, or il s’agit clairement de surestimations. En effet, elles pêchent par leur utilisation d’une méthodologie d’évaluation du nombre d’années de vie potentiellement perdues qui a été conçue par l’OMS à d’autres fins (par exemple pour comparer l’impact de deux politiques sanitaires). Cette méthodologie consiste à considérer que le nombre d’années de vie perdues par une personne décédée est égal à la “durée de vie potentielle” de référence à l’âge de son décès, et la table de référence de l’OMS contient une estimation de l’espérance de vie qu’auront les femmes japonaises en 2050 (en effet, cette table vise à représenter “the potential maximum life span of an individual in good health at a given age”). Les estimations ainsi produites sont donc par construction largement supérieures au nombre d’années supplémentaires que les personnes mortes du Covid auraient réellement vécu sans cela. Elles sont en particulier incompatibles avec le poids des résidents d’Ehpa dans la mortalité attribuée au Covid en France. A titre indicatif, la durée de vie moyenne dans les Ehpa est d’environ 3 ans et demi (elle est moindre dans les Ehpad) et l’âge moyen de leurs résidents est de plus de 84 ans, or la table de référence de l’OMS donne 11.39 “années de vie perdues” pour un décès à 84 ans (voir ici page 58).

4) Fiches désintox

5) Suivi de treize pays – dernière mise à jour le 7 avril 2021 (données au 6 inclus)

Graphiques montrant l’évolution des décès attribués au Covid-19 par les autorités de treize pays. Données sources : celles de dashboard.covid19.data.gouv.fr pour la France (corrigées de quelques anomalies), worldometers pour les autres pays.

A) Nombres bruts
– n°1 = flux/date, échelle logarithmique
– n°2 = cumul/date, échelle logarithmique
– n°3 = cumul/date, échelle linéaire
– n°4 = flux/cumul, échelle logarithmique
B) Nombres rapportés à la population
– n°5 = flux/date, échelle linéaire
– n°6 = flux/date, échelle logarithmique
– n°7 = cumul/date, échelle logarithmique
– n°8 = cumul/date, échelle linéaire
– n°9 = flux/cumul, échelle logarithmique
– n°10 = flux/cumul, échelle linaire

Les nombres rapportés à la population sont les nombres bruts divisés par le nombre d’habitants multiplié par le “facteur âge” n°1 calculé ici. Le principe de ce calcul consiste à réduire (resp. augmenter) artificiellement la taille de la population d’un pays “plus jeune” (resp. “plus vieux”) que la France, que j’ai pris comme référence, proportionnellement à la différence de mortalité qui y serait théoriquement observée si le taux d’infection y était le même ainsi que tous les autres facteurs influant sur la létalité (ex : qualité de la prise en charge des malades). En effet, toutes choses égales par ailleurs, un pays de 50 millions de “jeunes” aura mécaniquement beaucoup moins de morts qu’un pays de 50 millions de “vieux” et si l’on veut comparer comment les pays s’en sortent “à population égale”, il faut donc au minimum neutraliser aussi la différence de pyramide des âges et pas seulement celle de taille de population.

Les graphiques en flux (nb de décès par jour) montrent la moyenne mobile sur 7 jours centrée, i.e. valeur de j = moyenne des valeurs de j-3 à j+3 inclus.

Voir en bas de page d’autres précisions sur les données utilisées et les choix opérés pour produire ces graphiques.

A) Nombres bruts

Graphique n°1 (arrêté au 31 déc. 2020)

Rem : la dynamique censément naturelle et universelle décrite par L. Toubiana sur le blog de L. Mucchielli le 28 oct 2020 n’est observée dans aucun de ces pays, France et Suède comprises (“Dans le cas de Suède, fondée sur le modèle de l’immunité collective, à la fin de la première phase épidémique, il ne peut pas y avoir d’autres « vagues » et l’épidémie s’arrête spontanément. On peut encore observer pendant quelques mois des cas sporadiques mais la mortalité tend vers zéro. Et c’est ce qui se passe […] Nous constatons que les deux courbes respectent globalement la dynamique classique de l’évolution épidémique avec un phase de croissance exponentielle en 4 semaines, une redescente rapide en 4 semaines pour la France et environ 8 semaines pour la Suède […] Dans les deux cas, confinement ou pas, l’atteinte du maximum donc de l’arrêt de la croissance épidémique est semblable. Cette dynamique est d’ailleurs semblable en tout lieu de l’humanité indépendamment des mesures sanitaires prises. Ce constat est particulièrement navrant car cela suggère que le confinement n’a servi à rien. L’option radicalement différente prise par la Suède a au contraire été un choix judicieux et conforme à la théorie de la dynamique de l’extinction des épidémies.”)

Graphique n°1 bis (depuis le 1er août 2020)

Graphique n°2

Graphique n°3

Graphique n°4 (arrêté au 15 sept. 2020)

B) Nombres rapportés à la population

Graphique n°5 (arrêté au 31 déc. 2020)

Graphique n°5 bis (depuis le 1er sept. 2020)

Graphique n°6 (arrêté au 31 déc. 2020)

Graphique n°6 bis (depuis le 1er oct. 2020)

Graphique n°7 (arrêté au 31 déc. 2020)

Graphique n°8

Graphique n°9 (arrêté au 15 sept. 2020)

Graphique n°10

NOTA BENE

– L’analyse du “vrai” coût en vies de la pandémie faite par exemple dans le NY Times [1] n’est pas correcte car elle suppose que la mortalité moyenne passée est égale à celle qu’il y aurait eu sans la pandémie, ce que rien ne permet d’affirmer a priori et qui est en règle générale inexact. Cette méthode conduit très probablement à une sous-estimation par exemple pour l’Allemagne, la Belgique ou encore la Suède, où la mortalité avant Covid-19 est bien inférieure à cette moyenne. Par ailleurs, les calculs de ce type incluent des sur- et sous-mortalités indirectes causées par l’épidémie ou par les mesures prises contre elle (ex : moins de morts par accidents de la route grâce au confinement ; plus de morts par accidents cardiovasculaires de personnes n’ayant pas osé aller à l’hôpital), ils ne donnent pas les mêmes résultats selon la période qui est prise comme référence (ex : moyenne des 4 vs 5 dernières années), et ils devraient être redressés en tenant compte de l’évolution démographique durant les années concernées (ce qui n’est généralement pas fait). Seule l’analyse fine des certificats de décès enregistrés à l’état civil permettra d’avoir une idée assez précise des décès causés par le Covid-19 : lire à ce sujet ce billet du blog de l’Insee.

– La plupart des pays ne déclarent pas les décès à domicile dans leur décompte quotidien mais ils sont relativement peu nombreux (à titre indicatif, au 9 décembre 2020 sur 17 603 décès Covid déclarés par la Belgique, seuls 57 étaient survenus à domicile ou sur la voie publique vs 9 817 à l’hôpital, 7 635 dans une maison de repos, 77 dans une autre collectivité résidentielle et 17 dans un lieu non précisé) ; en particulier, l’estimation de 9 000 morts à domicile en France diffusée en avril 2020 par un syndicat de médecins généralistes était infondée, comme l’a admis le président dudit syndicat (voir mon post FB du 20 mai 2020).

– Le nombre de décès déclaré par la France est celui de Santé Publique France (voir comment il est déterminé dans la partie 2 ci-dessus) après correction de menues anomalies (voir ci-après). La France a déclaré 26 093 décès Covid-19 en Ehpad et autres établissements médico-sociaux (EMS) entre le 1/4/2020 et le 6/4/2021 (26.8 % des décès attribués au Covid-19) sans les ventiler par vrai jour de décès, ce qui crée un creux avant et une montée brutale début avril qui ne sont que des artefacts ; plusieurs dizaines d’annulations de ces déclarations ont été faites depuis août, que j’ai affectées arbitrairement à des dates antérieures contenant des pics afin de ne pas rendre trompeuse la fin de courbe ; le 18/9/2020, 76 décès survenus depuis le 19/7 ont été déclarés en bloc par un hôpital de l’Essonne, que j’ai répartis entre le 20/7 et le 18/9 au prorata des autres décès déclarés sur la période pour ne pas fausser la vision de la dynamique de l’épidémie (ex : 30 décès déclarés le 9/9 = 2.82 % des décès de la période => 0.0282 x 76 = 2.145 décès ajoutés aux 30 pour la journée du 9/9) ; j’ai affecté la moitié des décès en Ehpad/EMS annoncés les mardis 29/12/2020 et 5/1/2021 aux deux vendredis précédents, jours habituels de déclaration de ces décès sans remontée car fériés ; j’ai ventilé les 594 nouveaux décès en EMS annoncés le 26/3/2021 comme suit : 26 affectés au 12 mars bien que 0 selon le dashboard (car il y avait eu 93 nouveau décès en EMS selon la page SpF ce jour-là mais 67 avaient déjà été déclarés la veille sur le dashboard vs 0 selon la page SpF) et un tiers de 594-26 affectés aux vendredis 19 et 26 mars et au mardi 23 mars.

– La Belgique déclare tous les décès des cas confirmés par un test de laboratoire ou par un scanner thoracique ainsi que ceux des cas suspectés (car répondant aux critères cliniques du Covid-19), qu’ils soient survenus à l’hôpital (rapports quotidiens des hôpitaux), en maison de repos (rapports quotidiens des maisons de repos) ou ailleurs (déclaration obligatoire des médecins généralistes aux autorités régionales) ; les décès sont affectés à leur date de déclaration (ceux affectés à leur date de survenue sont disponibles sur https://epistat.wiv-isp.be/covid/, dont la section Interactive Dashboards contient les fichiers dont l’historique est révisé quotidiennement). Le 26/8/2020, révision de tout l’historique (expliquée ici) avançant de 3 jours l’atteinte du seuil de 25 décès et de 2 jours celui de l’atteinte du 5 pour 10 millions d’habitants x facteur âge.

– L’Allemagne ne déclare que les décès de cas confirmés par un test de laboratoire, or ces tests ne sont pas systématiques [2] ; début mai 2020 le président de l’institut Robert-Koch a reconnu que de ce fait, il y avait sans doute plus de décès que déclaré [3].

– Il manque au décompte de l’Espagne l’essentiel des décès survenus en Ehpad et EMS par manque de tests post-mortem systématiques, estimés à environ 12 000 au 23/4/2020 [4] et à “la majorité” des 16 500 décès en Ehpad cumulés à fin avril 2020 [3] ; le nombre de décès par Covid-19 non déclarés a été estimé à 16 400 par d’autres méthodes fin juillet 2020 [5] ; le 19/6/2020, l’historique depuis le 12/5 a été révisé et le pays a redémarré ses déclarations, stoppées pendant trois semaines ; le 4/11/2020 l’historique a été entièrement revu à partir du 11 mars (+ 1623 décès, soit + 4.5 %) suite à un changement de méthode.

– Le Royaume-Uni a élargi ses déclarations le 29/4/2020 pour inclure les décès hors hôpital, ce qui en a ajouté 3700 et a modifié l’historique (avançant d’un jour le passage du seuil de 25 décès cumulés) ; ce rattrapage est très incomplet car au 1/5, 27 510 décès liés au Covid-19 avaient été déclarés vs 38 333 enregistrés dans le décompte hebdomadaire de l’ONS [6] ; le 18/6, une révision des données du 24/5 au 31/5 a fait disparaître une ondulation aberrante de la courbe ; le 13/8, l’historique a été révisé à la baisse à partir du 1er avril suite à un changement de règle (- 5241 décès au 7/8) qui aboutit très probablement à sous-estimer le nb de décès pour Covid-19 car les décès des personnes intervenant plus de 28 jours après leur premier test PCR positif ne sont plus comptés ; le 3/3/2021, Public Health Scotland a amélioré sa méthode de mise en relation des cas confirmés avec les décès rapportés via les National Records of Scotland, cela conduisant à ajouter à l’historique 172 décès survenus dans les 28 jours après un premier test positif.

– L’Italie n’a pas déclaré au moins 2500 décès hors hôpital survenus dans la région de Bergame [7] ; le 24/6/2020 historique depuis 15/3 révisé (61 décès cumulés en moins, pas d’impact sur le calage des courbes) ; le 26/8/2020, historique révisé à la hausse à partir du 8 mars (+ 154 décès au 7/8).

– La Suède s’assure depuis fin juin 2020 au fil de l’eau d’affecter les décès à leur date de survenue effective : elle a révisé tout son historique le 24/6, ceci avançant de 3 jours le dépassement des 25 décès cumulés et d’un jour celui de 5 pour 10 mh*facteur âge ; de même, les 29 et 30/6, puis les 1, 2, 3, 4, 7, 8, 9, 10/7, etc, l’historique a été révisé (à chaque fois à la hausse) à partir des 28/5, 5, 12, 15, 19, 17, 26, 10, 19, 18/6, etc, respectivement. De ce fait, la fin de sa courbe de flux tend à systématiquement redescendre sur les deux dernières semaines compte tenu du délai important entre la date de survenue des décès et celle de leur déclaration (voir https://adamaltmejd.se/covid/), avant de finalement remonter après révision. Pour ne pas diffuser une vision trompeuse de la dynamique de l’épidémie dans ce pays, je ne montre ses données que jusqu’à j-14. Le 27/10/2020, correction de tout l’historique à partir du 19/4 (31 décès supprimés au passage).

– Aux Etats-Unis, le périmètre des décès inclus varie selon les juridictions ; le 23/4/2020 un grand nb de décès a été ventilé a posteriori sur la période commençant le 14/3, avançant d’un jour le dépassement du seuil de 5 décès pour 10 mh ; idem le 5/6 mais sans incidence sur le calage des courbes ; le 25/6 le New Jersey a déclaré un cumul de 1854 décès par covid-19 “probable” précédemment non déclarés, répartis par Worldometers sur l’historique (modifié à partir du 19/3) au prorata des décès déjà déclarés ; le 30/6, historique depuis le 10/5 révisé (+ 692 décès hors de la ville déclarés par NY). ; le 14/7 révision à la baisse à partir du 16/4 (-40 morts finalement naturelles selon l’état de Washington) ; 26/8 : historique révisé à la hausse à partir du 22/6 (+ 475 décès au 7/8) ; d’autres légères révisions de l’historique ont été faites en août, septembre, octobre, et le 3/11/2020 l’historique a été entièrement revu à partir du 20 mars (légèrement à la hausse) ; depuis début 2021, l’historique est régulièrement revu sur plusieurs mois, à chaque fois à la hausse.

– Mexique : le 6/10/2020, 2789 décès survenus depuis le début de l’épidémie ont été ajoutés suite à un changement de méthodologie (les décès causés par une maladie ayant la symptomatologie du Covid-19 sont désormais inclus dès lors que la personne a été en contact avec un cas positif, lorsqu’elle n’a pas été elle-même testée) ; ces décès supplémentaires ont été affectés à l’historique au prorata par Worldometers, soit une révision des données à partir du 5 avril 2020.

Par ailleurs :
– un choix largement arbitraire doit être fait pour produire les courbes comparatives calées sur un J0 ; pour sa discussion, voir mon post FB du 2/4/2020 ;
– je n’utilise pas les données de Johns Hopkins University car elles ne sont pas fiables notamment au début de l’épidémie (pas toujours rafraîchies quotidiennement), or les cumuls erronés au début ont un impact sur le calage des courbes (rem : calage des courbes abandonné le 11/11/2020) ;
– des explications complémentaires (choix de l’indicateur, choix des pays, échelle logarithmique vs linéaire…) sont disponibles sur mon post FB du 8/9/2020.

[1] www.nytimes.com/interactive/2020/04/21/world/coronavirus-missing-deaths.html
[2] www.larecherche.fr/covid-19-coronavirus/compter-les-cas-de-covid-19-dimensions-m%C3%A9thodologique-et-culturelle-de-la
[3] www.lemonde.fr/planete/article/2020/05/02/enquete-sur-les-morts-invisibles-du-covid-19_6038406_3244.html
[4] www.lemonde.fr/international/article/2020/04/23/coronavirus-en-espagne-86-enquetes-ouvertes-dans-des-residences-pour-personnes-agees_6037515_3210.html
[5] https://elpais.com/sociedad/2020-07-25/las-44868-muertes-de-la-pandemia-en-espana.html
[6] https://www.dailymail.co.uk/news/article-8310827/Almost-10-000-care-home-residents-died-coronavirus-UK.html
[7] www.rtbf.be/info/dossier/epidemie-de-coronavirus/detail_coronavirus-en-italie-le-vrai-bilan-serait-de-4500-morts-en-un-mois-a-bergame-et-non-de-2000